Keragaman Spesies Ikan Tuna Di Pasar Ikan Kedonganan Bali Dengan Analisis Sekuen Kontrol Daerah Mitokondria Dna

ikan tuna di pasar ikan kedonganan

Ikan tuna merupakan komoditi ekspor yang mempunyai nilai ekonomi sangat tinggi.Namun, beberapa spesies ikan tuna mulai terancam punah. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi spesies ikan tuna yang dijual di Pasar Ikan Kedonganan, Kuta, Badung, Bali.

Metode penelitian yang digunakan adalah teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan menggunakan marker sekuen control daerah (control region) DNA mitokondria. Sampel yang digunakan adalah ikan tuna yang dijual di Pasar Ikan Kedonganan. Jumlah sampel sebanyak 28 spesimen.

Sekuen dari setiap sampel didapatkan melalui teknik sekuensing. Sekuen yang diperoleh dilakukan Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) dan selanjutnya dianalisis dengan MEGA 5 untuk konfirmasi spesies. Tiga spesies ikan tuna yang teridentifikasi di Pasar Ikan Kedonganan yaitu:

  • Thunnus albacares
  • T. obesus
  • Katsuwonus pelamis

Ketiga spesies mempunyai variasi genetik yang tinggi dengan nilai HD=1. Penelitian ini perlu dilanjutkan dengan jumlah sampel yang lebih banyak untuk mengetahui semua spesies tuna yang dijual di Pasar Ikan Kedonganan.

PENDAHULUAN

Indonesia memiliki tingkat keanekaragaman hayati yang tinggi baik di darat maupun di laut.Indonesia merupakan salah satu daerah coral triangle yang dipercaya sebagai asal dari seluruh hewan laut yang ada di dunia (Veron et al., 2009). Letak Indonesia sangat strategis yaitu berada di antara Benua Asia dan Australia serta Samudra Pasifik dan Hindia.

Perairan Indonesia yang sangat luas menyimpan banyak jenis ikan dan hasil laut lainnya yang memiliki nilai ekonomi penting. Potensi perikanan diIndonesia masih sangat berlimpah, salah satunya adalah potensi perikanan ikan tuna yang terdapat di Samudra Hindia yang belum termanfaatkan secara optimal (Kasma et al., 2007).

Ikan tuna merupakan komoditi perikanan yang memiliki prospek cerah dalam hal ekspor ke luar negeri. Indonesia merupakan negara pengekspor ikan tuna terbesar di Asia Tenggara.

Volume ekspor ikan tuna pada tahun 2011 sebesar 142 ton dan nilai ekspornya mencapai 500 juta dolar Amerika Serikat atau sekitar Rp 5 triliun (WPEA OFM, 2012).

Industri ikan tuna merupakan komoditi ekspor yang sangat menjanjikan bagi perekonomian Indonesia. Ekspor ikan tuna pada umumnya dalam bentuk segar dan beku.

Berdasarkan data Dinas Perikanan Provinsi Bali (2002) dilaporkan bahwa pada tahun 2002 tuna yang diekspor dalam bentuk segar dan beku sekitar 18.011 ton berasal dari Bali dengan negara tujuan Jepang, Amerika Serikat, dan Inggris.

Namun, dengan meningkatnya permintaan pasar dari tahun ke tahun, maka semakin tinggi pula penangkapan terhadap ikan tuna, sehingga penangkapan berlebih dapat terjadi di perairan Samudra Hindia.

Industri perikanan telah menangkap sedikitnya 50 juta ton ikan tuna dari Samudra Pasifik sejak tahun 1950 sehingga diperkirakan terjadi pengurasan populasi yang berdampak buruk pada rantai makanan (Sibert et al., 2006).

Ada empat jenis ikan tuna yang menjadi target penangkapan utama pada industri perikanan yaitu: cakalang/skipjack (Katsuwonus pelamis), tuna sirip kuning/yellowfin (Thunnus albacares), tuna mata besar/bigeye (T. obesus), dan tuna albakora/albacore (T. alalunga).

Tuna termasuk anggota Thuninnae, famili Scombridae yang meliputi 13 spesies, terdiri atas tujuh spesies tuna besar dan enam spesies tuna kecil. Tuna besar pada umumnya mempunyai ukuran panjang tubuh antara 40-180 cm, sedangkan tuna kecil berukuran 20-80 cm.

Jenis-jenis tuna besar di antaranya ikan tuna sirip kuning (T. albacares), ikan tuna mata besar (T. obesus), ikan tuna albakora (T. alalunga), southern bluefin tuna (T. maccoyii), ikan tuna abu-abu (T. tonggol), eastern bluefin tuna (T. thynnus), dan ikan tuna sirip hitam (T. atlanticus).

Jenis-jenis tuna kecil di antaranya ikan cakalang (Katsuwonus pelamis), Euthynnus affinis, E.alleteratus, E. lineatus, Auxis thazard dan A. rochei (Uktolseja dan Purwasasmita,1991).

Mitokondria khususnya mitokondria DNA (mtDNA) merupakan sebuah untaian DNA yang diturunkan oleh induk betina dan mtDNA baik digunakan untuk menganalisis distribusi maupun keturunan dari suatu spesies (Wallace, 1997).

Observasi mtDNA dilaporkan telah menunjang berbagai penelitian untuk mendapatkan informasi yang baik dalam mempelajari struktur genetic, di antara populasi ikan (Ovenden, 1990).

Pasar Ikan Kedonganan merupakan pasar ikan terbesar di Bali. Beraneka ragam jenis ikan dapat ditemui di pasar tersebut. Hal tersebut disebabkan Pasar Ikan Kedonganan mendapat suplai ikan tidak saja dari nelayan lokal Kedonganan, tetapi mendapat suplai dari kabupaten lain, bahkan hingga provinsi lain.

Hal tersebut memungkinkan terjadi. keanekaragaman hayati terutama pada ikan tuna di Pasar Ikan Kedonganan. Penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi spesies ikan tuna yang dijual di Pasar Ikan Kedonganan, Kuta, Badung, Bali dengan menggunakan teknik analisis sekuen mtDNA pada control region.

METODE PENELITIAN

Dalam penelitian ini digunakan rancangan penelitian deksriptif eksploratif observasional. Sebanyak 30 sampel sirip baby tuna diambil dari Pasar Ikan Kedonganan. Sampel ikan tuna dipilih berdasarkan morfologi umum ikan tuna, selanjutnya potongan sirip ikan tuna diambil untuk analisis molekuler.

Senyawa DNA dari jaringan sirip ikan tuna diamplifikasi menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR), selanjutnya dilakukan sekuensing pada produk PCR di Barkeley Sequencing Facility, California, Amerika Serikat untuk memperoleh urutan nukleotida DNA.

Hasil sekuen dirunutkan (alligned) menggunakan program MEGA 5.0 kemudian didilakukan Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) untuk mengidentifikasi spesies baby tuna. Beberapa data GeneBank diunduh untuk konstruksi pohon filogenetik dengan program BEAST1.75 (Alexei et al., 2007)

Ekstraksi DNA ikan menggunakan 250 μL chelex 10%. Lapisan sirip ikan diambil sekitar 0,5 cm dan jaringan yang terambil tersebut dimasukkan kedalam tabung berisi 250 μL chelex 10% (Walsh et al., 1991).

Amplifikasi mtDNA ikan tuna menggunakan primer control region K (5′-AGCTC AGCGC CAGAG CGCCG GTCTT GTAAA-3′) dan control region E (5′-CCTGA AGTAG GAACC AGATG-3′) (Lee et al.,1995). Elektroforesis dilakukan untuk mengetahui apakah DNA berhasil diamplifikasi dan untuk mengetahui panjang produk basa dari hasil PCR (Bartlett dan Davidson, 1991).

HASIL DAN PEMBAHASAN

Sebanyak 28 sampel DNA mitokondria ikan tuna dari Pasar Ikan Kedonganan berhasil diamplifikasi dengan teknik PCR. Amplifikasi pada daerah non-coding control region menghasilkan produk PCR dengan panjang basa sekitar 700 bp. Hasil PCR disajikan pada Gambar 1.

Tiga spesies tuna dapat diidentifikasi dengan membandingkan homologi sekuen di database GeneBank. Spesies ikan tuna teridentifikasi ada sebanyak tiga jenis antara lain T. albacares, T. obessus, dan K. pelamis. Hasil identifikasi spesies ikan tuna disajikan pada Tabel 1.

Dari 28 sampel, 19 sampel teridentifikasi sebagai T. albacares, T.obesus diidentifikasi dari enam sampel, dan K. pelamis diidentifikasi dari tiga sampel. Persentase kemiripan 28 sekuen gen control region ikan tuna dari Pasar Ikan Kedonganan dengan sekuen spesies di GenBank bervariasi mulai dari 98 % hingga 100 %.

Pohon Filogeni

Rekonstruksi pohon filogeni dibuat dari sekuen gen control region mtDNA yang diunduh dari GenBank. Data yang diunduh dari GenBank berasal dari berbagai lokasi.

Hal tersebut dilakukan untuk mengetahui sebaran ikan tuna yang dijual di Pasar Ikan Kedonganan dan rekonstruksi pohon filogeni juga dilakukan untuk mengetahui hubungan genetik antar spesies.

Pohon filogeni dari 28 sampel yang diteliti serta dipadukan dengan data yang diunduh dari GenBank untuk mengetahui penyebaran dari ikan tuna yang dijual di Pasar Ikan Kedonganan (Gambar 2). Ikan T. albacares yang dijual di Pasar Ikan Kedonganan membentuk dua clade. Clade I bersama data sekuen yang berasal dari perairan India dan CladeII dengan data sekuen berasal dari perairan Filipina.

Ikan T. obesus yang dijual di Pasar Ikan Kedonganan membentuk dua cladedengan ikan tuna yang berasal dari tiga perairan yang berbeda, yaitu Samudra Hindia, Samudra Pasifik, serta perairan Guinea yang berada di Samudra Atlantik.

Ikan K. pelamis yang dijual di Pasar Ikan Kedonganan juga membentuk dua clade. Clade I bersama data sekuen ikan cakalang yang berasal dari perairan India dan CladeII dari perairan Filipina.

Hasil diversitas haplotipe ikan tuna di Pasar Ikan Kedonganan menunjukan angka yang sangat tinggi (HD=1) dan hal tersebut memang sering terjadi pada penelitian tentang ikan tuna (Scoles dan Graves, 1993; Ely et al., 2005). Hal tersebut menandakan bahwa effective population size dari ikan tuna betina yang tinggi, sehingga menimbulkan diversitas haplotipe yang tinggi.

Hasil ini sejalan dengan Ely et al; (2005) yang menyatakan bahwa pada suatu wilayah lokal sekalipun dapat memunculkan diversitas haplotipe yang tinggi. Ikan tuna umumnya bersifat highly migratory sehingga penyebarannya sangat cepat dan daerah jelajahnya sangat luas (Avise, 1998).

bahas 1

Gambar 1.Hasil elektroforesis produk PCR
(amplikon) yang menggunakan gel agarose 1%, dengan menggunakan pewarnaan etidium bromide, (M) merupakan low mass ladder berfungsi sebagai marker sepanjang 100 bp, 1-7 merupakan sampel ikan tuna dan (-) merupakan kontrol negatif.

Berbagai spesies tuna dikenal mempunyai wilayah distribusi global di lautan tropis maupun subtropis dan diferensiasi genetik yang rendah antar lokasi. Dengan kata lain, populasi ikan tuna dunia bercampur sedemikian rupa sehingga asalnya tidak dapat ditentukan.

Hal tersebut terutama terjadi pada yellow fin tuna dan skip jack tuna (Ely et al., 2005). Hal yang sama juga terjadi pada populasi ikan tuna bermata besar (big eye) dunia kecuali di wilayah Samudra Atlantik. Ikan tuna big eye dikenal terdiri dari dua clade besar.

Clade I ditemukan di semua samudra dunia, sedangkan Clade II hanya ditemukan di Samudra Atlantik (Chiang et al.,2008; Martinez et al., 2006; Gonzalez et al., 2008).

Populasi clade I tampaknya dapat melintas dari Samudra Pasifik ke Samudra Atlantik, dan demikian sebaliknya, akan tetapi clade II mempunyai sebaran geografis pada Samudra Atlantik saja.
Tabel 1. Hasil identifikasi spesies tuna berdasarkan database GenBank menggunakan Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)

Penelitian tentang struktur populasi dan diversitas genetik pada T. obesus pernah dilakukan oleh Martinez et al (2006) yang melaporkan dua clade populasi T. obesus di tiga samudra dunia, dua clade tersebut terbagi atas clade I yang berasal dari Samudra Indo-Pasifik dan clade II yang berasal dari Samudra Atlantik.

Hasil rekonstruksi pohon filogenetik pada T. obesus (Gambar 2) menunjukan bahwa ikan tuna big eye yang dijual di Pasar Ikan.

Keterangan: HD = diversitas haplotipe

Keterangan: HD = diversitas haplotipe

tabel 13 1

Gambar 2. Pohon filogenetik ikan tuna yang diperjual-belikan di Pasar Ikan Kedonganan ditambah dengan data dari GenBank.Rekonstruksi dilakukan dengan program BEAST 1.75 yang menggunakan metode Markov Chain Monte Carlo (Alexei et al., 2007).

Kedonganan berasal dari clade I pada populasi bigeye dunia yang berada di Samudra Indo-Pasifik. Data T. obesus Atlantik yang diunduh dari GenBank merupakan bagian dari clade II dari T. obesus yang ada di dunia.

Penelitian ini membuktikan bahwa T. obesus yang berasal dari Samudra Atlantik tidak terlalu aktif bermigrasi ke SamudraIndo-Pasifik (Martinez et al., 2006).

Pola pohon filogenetik dari T. albacores (Gambar 2) yang ditemukan dalam penelitian ini membuktikan sebuah fenomena bahwa populasi T. albacares yang bersal dari Samudra Atlantik, Samudra Pasifik, maupun Samudra Hindia sangat susah dibedakan (Ely et al., 2005).

Walaupun jumlah haplotipe pada T. albacares sangat tinggi, namun T.albacares hanya mempunyai I clade di seluruh dunia. Penelitian tentang struktur populasi T. albacares yang dilaporkan oleh Ely et al., (2005) yang menggunakan sampel dalam jumlah banyak masih belum dapat membuktikan adanya gene flow seperti pada T. obesus yang telah menunjukan adanya perbedaan genetik antar samudra.

Pohon filogenetik ikan cakalang (Gambar 2) menunjukan bahwa K. pelamis membentuk dua clade. Clade I memperlihatkan K. pelamis berasal dari Samudra Pasifik dan Clade II memperlihatkan K. pelamis berasal dari Samudra Hindia. Hal tersebut didukung dengan nilai dukungan yang sangat tinggi, yaitu di atas 99%.

Penelitian lebih lanjut pada K. pelamis dengan jumlah sampel yang lebih banyak perlu dilakukan di beberapa situs Pulau Bali karena penelitian tentang K. pelamis masih belum banyak dilakukan (Ely et al., 2005).

Penelitian lebih lanjut mungkin dapat menentukan jumlah clade yang dimiliki oleh K. pelamis di Pulau Bali.

Identifikasi ikan tuna berdasarkan perbedaan morfologi sangat sulit dilakukan, terutama pada young of the year (YOY) tuna. Begitu juga yang terjadi pada ikan tuna mata besar (T. obesus) dan ikan tuna sirip kuning (T. albacares).

Hal tersebut sejalan dengan laporan Ivane et al., (2012) yang melakukan identifikasi secara morfometri dan identifikasi molekuler terhadap T. albacares dan T. obesus.

Pada penelitian tersebut, metode secara morfometri menunjukkan kesalahan identifikasi pada 25% sampel. Penelitian tersebut juga menjelaskan bahwa kesalahan identifikasi morfometri dapat tetap muncul walaupun pada sampel yang menunjukkan ciri-ciri morfologi yang sangat jelas sekalipun.

Penelitian ini juga membuktikan bahwa penggunaan daerah non-coding control region dapat mengidentifikasi spesies ikan tuna secara lebih akurat daripada identifikasi secara morfometri karena mampu menurunkan derajat homoplasi.

Daerah D-loop atau dikenal juga dengan nama daerah kontrol (control region) merupakan bagian dari mtDNA yang sangat spesifik. Analisis mtDNA pada D-loop juga telah digunakan untuk menduga keragaman genetik dan struktur populasi pada ikan Paralichtys alovaceous atau Japanese Flounder (Fuji dan Nishida, 1997).

Menurut laporan International Union for Conservation of Nature and Natural Resources (IUCN) pada tahun 2011, populasi spesies T. obesus dan T. albacares dinyatakan mengalami penurunan. Ikan T. obesus mempunyai status vulnerable karena keberadaannya sangat rentan dan terancam punah, sedangkan T. albacares mempunyai status near threatened yaitu keberadaanya hampir rentan terancam punah.

Adalah sangat penting untuk dilakukannya penelitian morfometri ikan tuna yang ditunjang dengan analisis molekuler agar para nelayan dapat cepat mengenali dan tidak menangkap spesies ikan tuna yang populasinya sedang terancam.

SIMPULAN

Spesies ikan tuna yang berhasil diidentifikasi di Pasar Ikan Kedonganan berjumlah tiga spesies yaitu, ikan tuna sirip kuning, ikan tuna mata besar dan ikan cakalang. Diversitas haplotipe dari ketiga spesies yang dijual di Pasar Ikan Kedonganan sangat tinggi.

SARAN

Untuk memastikan spesies ikan tuna perlu dilakukan analisis genetika karena ikan tuna sulit dibedakan berdasarkan morfologi terutama pada spesies T. albacares dengan T. obesus. Perlunya penelitian lanjutan yang melakukan pengambilan sampel dengan jumlah yang lebih banyak dan waktu pengambilan sampel yang berbeda, karena sangat mungkin di Pasar Ikan Kedonganan sebenarnya terdapat spesies ikan tuna yang lain.

UCAPAN TERIMA KASIH

Terima kasih penulis ucapkan atas dana yang diberikan pada penelitian ini. Analisis genetik pada penelitian ini didanai oleh USAID melalui sub-grant dari National Academy of Science (NAS) dengan NAS sub-grant number PGA-2000001987 dan sponsor grant award number AID-OAA-A-11-00012 dengan judul Building Indonesia Capacity trough Genetic Assessment of Commercial Fish Species.

DAFTAR PUSTAKA

[1] Avise JC. 1998. Conservation Genetics in the Marine Realm. The American Genetic Association 89: 377-382.

[2] Alexei JD, Simon YWH, Nic R, RambautA. 2007. A Rough Guide to BEAST 1.4. Department of Computer Science The University of Auckland, New Zealand Institute of Evolutionary Biology University of Edinburgh Edinburgh, United Kingdom.

[3] Bartlett SE, Davidson WS. 1991. Identification of Thunnus tuna species by the polymerase chain reaction and direct sequence analysis sf their rnitsehondrial cytochrome b genes. Can J Fish Aquat Sci 48: 309-3 4 7 .

[4] Chiang HC, HsuaCC, Georgiana CCW, Chang SK, Yang HY. 2008. Population structure of bigeye tuna (Thunnus obesus) in the Indian Ocean inferred from mitochondrial DNA. Fisheries Research 90: 305-312.

[5] Dinas Perikanan Provinsi Bali. 2002. Buku Tahunan Statistik Perikanan Tangkap Tahun 1997-2001. Denpasar Bali. Dinas Perikanan Provinsi Bali.

[6] Ely B, Vinas J, Bremer JRA, Black D, Lucas L, Covello K, Labrie1 AV, Thelen E. 2005. Consequences of the historical demography on the global population structure of two highly migratory cosmopolitan marine fishes: the yellowfin tuna (Thunnus albacares) and the skipjack tuna (Katsuwonus pelamis). BMC Evolutionary Biology 5: 19.

[7] Fuji T, Nishida M. 1997. Hight Sequence Variability in the Mitochondrial DNA Control Region of the Japan Flounder Paralichthysolivaceus. Journal Fisheries Science 63(6): 906-910.

[8] Gonzalez EG, Peter B, Zardoya R. 2008. Genetic structuring and migration patterns of Atlantic bigeye tuna, Thunnus obesus (Lowe, 1839). BMC Evolutionary Biology 8: 252.

[9] Ivane RPG, Babaran RP, Santos MD. 2012. Discrimination of Juvenile Yellowfin (Thunnus albacares) and Bigeye (Thunnus obesus) Tunas using Mitochondrial DNA Control Region and Liver Morphology. PLoS ONE 7(4): e35604.

[10] Kasma E, Osawa T, Adnyana IWS. 2007. Estimation of Primary Productivity for Tuna in Indian Ocean. Ecotrophic 4(2): 86 91.

[11] Lee WJ, Conroy J, Howell WH, Kocher TD. 1995. Structure and Evolution of Teleost Mitochondrial Control Regions. Journal of Molecular Evolution. 41: 54-66.

[12] Martmez P, Elena GG, Rita C, Zardoya R. 2006. Genetic diversity and historical demography of Atlantic bigeye tuna (Thunnusobesus).

[13] Molecular Phylogenetics and Evolution 39: 404-416

[14] Ovenden JR. 1990. Mitochondrial DNA and marine stock assessment: A review. Aust J Mar Freshwater Res 41: 835-853.

[15] Scoles DR, Graves JE. 1993. Genetic analysis of the population structure of yellowfin tuna, Thunnus albacares, from the Pacific Ocean. Fishery Bulletin 91: 690-698.

[16] Sibert J, Hampton J, Kleiber P, Maunder M. 2006. Biomass, Size, and Trophic Status of Top Predators in the Pacific Ocean. Science 314.

[17] Uktolseja JCB, PurwasasmitaR. 1991. Preliminary study of the fecundity of skipjack tuna from the waters adjacent to pelabuhan Ratu.Observation on the Spawning of Philippine Tuna. Fish Bull 51(55): 409-423.

[18] Veron JEN, Devantier LM, TurakE, Green AL, Kininmonth S, Smith MS, Peterson N. 2009. Delineating the coral triangle. Galaxea, Journal of Coral Reef Studies 11: 91-100

Last Updated on 19 Agustus 2022

Mungkin Anda juga menyukai

Tinggalkan Balasan

Alamat email Anda tidak akan dipublikasikan.

Situs ini menggunakan Akismet untuk mengurangi spam. Pelajari bagaimana data komentar Anda diproses.